En botanique, une cloison (ou septum en latin) est une paroi interne divisant un organe en plusieurs compartiments (loges). Le terme s'applique à plusieurs structures : les loges d'un ovaire, les compartiments d'un fruit, les cellules d'un filament algal ou le parenchyme internodal d'une tige creuse.
Cloisons des fruits
Dans un ovaire parietal (type Solanaceae), les placentes forment des cloisons incomplètes. Dans un ovaire axéle (Lilium, Narcissus), les cloisons sont complètes et séparent les loges qui contiennent chacune des ovules. Un fruit cloisonné (biloculaire, triloculaire...) s'ouvre souvent en déplissant ces cloisons (sépticide) ou en les laissant (loculicide).
Cloisons dans d'autres organes
Les bambous ont des cloisons internodalements à chaque nude, donnant aux tiges leur résistance notable. Les écorces de certains fruitiers (noix, noix de pécan) sont divisées par des cloisons ligneuses formant des loges protectrices autour des amandes.
