En phylogénétique cladistique, un caractère autapomorphique (ou autapomorphie) est un caractère dérivé (apomorphique) qui est propre à un seul taxon et ne se retrouve dans aucun autre. Il s'oppose à la synapomorphie (caractère dérivé partagé par plusieurs taxa, constituant la preuve de leur appartenance à un même clade).
Valeur en cladistique
Les autapomorphies ne permettent pas de définir des clades : elles caractérisent un taxon terminal mais n'informent pas sur ses relations avec d'autres taxa. Par exemple, la présence de trompe chez les éléphants est une autapomorphie qui définit le groupe mais ne sert pas à regrouper les éléphants avec d'autres animaux.
Application en botanique
En systématique végétale, des autapomorphies permettent de définir des genres, familles ou ordres monotypiques. Le genre Ginkgo, avec ses feuilles en éventail biféndu et ses graïnes charnues à odeur de rance, présente plusieurs autapomorphies uniques dans le règne végétal.
